Walaupun Charles V menentang Reformasi Protestan, dia memerintah wilayah-wilayah Belanda secara bijaksana dengan kesederhanaan dan berhubung dengan adat tempatan, dan baginda tidak menindas rakyat Protestan baginda pada suatu skala yang besar. Anak lelakinya Philip II mewarisi antipatinya untuk Protestan tetapi bukan kesederhanaannya. Di bawah pemerintahan Philip, suatu penindasan benar Protestan telah dimulakan dan cukai telah dinaikkan ke suatu peringkat yang melampaui batas. Ketidaksenangan meningkat dan William dari Orange (dengan zaman kanak-kanak Lutheran samar-samar baginda) mempertahankan penduduk Protestan (kebanyakannya Calvinist) Belanda. Perkara menjadi semakin teruk selepas Perang Lapan Puluh Tahun bermula pada 1568, tetapi nasib baik membawanya pada kemanfaatannya apabila pemberontak Protestan menyerang dari Laut Utara menangkap Brielle, sebuah pekan tepi pantai Holland Selatan pada hari ini in 1572. Banyak bandar di Holland bermula menyokong William. Sewaktu 1570an baginda terpaksa mempertahankan wiliayah=wilayah terasnya di Holland kerap kali, tetapi pada 1580an bandar-bandar dalaman di Holland telah dikawalkan. William dari Orange telah dianggap suatu ugutan pada pemerintahan Sepanyol di kawasan itu dan telah dibunuh pada 1584 oleh seorang pembunuh diupah dikirim oleh Philip.

William telah diganti oleh anak lelaki keduanya Maurits, seorang Protestan yang dibuktikan seorang pemimpin ketenteraan yang hebat. Kemahirannya sebagai seorang pemimpin dan kekurangan pucuk pemimpin kuat di Sepanyol selepas kematian Philip II (1598) memberikan Maurits kesempatan hebat untuk menakluk bahagian-bahagian besar wilayah Belanda hari ini.

Maurits telah menciptakan stadtholder (pemimpin ketenteraan) Republik Belanda pada 1585. Pada tahun-tahun awal kurun ke-17 telah meningkatnya perkelahian di antara stadtholder dan oligarchist regents — sekumpulan saudagar berkuasa dipimpin oleh Johan van Oldebarnevelt — kerana Maurits hendak lebih kuasa di Republik. Maurits memenangi perjuangan kuasa ini dengan mengaturkan pembunuhan bidang kuasa Oldebarnevelt.